Das Fries Museum hat eine reiche Geschichte von fast 190 Jahren. 1827 wurde die Provinciaal Fries Genootschap ter beoefening der Friesche Geschied-, Oudheid- en Taalkunde (Fries Genootschap) [Friesische Provinzialgesellschaft zur Pflege der friesischen Geschichts-, Altertums- und Sprachkunde] gegründet von Franciscus Binke, Hendrik Amersfoordt und Freerk Fontein. Die Vereinigung sollte für die Bewahrung der friesischen Identität Sorge tragen.
Zur Bewahrung von Objekten wurde 1853 das Provinciaal Friesch Kabinet van Oudheden [Friesisches Provinzialkabinett für Altertümer] gegründet. Friesen konnten hier typisch friesische Gegenstände abgeben. Diese Sachen wurden nicht nur für die Nachwelt bewahrt, sondern auch ausgestellt - anfangs im Justizpalast in Leeuwarden und später aus Platzmangel in einem Raum im Statthalterlichen Hof andernorts in der Stadt.
Anlässlich des fünfzigjährigen Bestehens der Fries Genootschap wurde 1877 die Historische Ausstellung von Friesland in Leeuwarden veranstaltet, die erste volkskundliche Ausstellung in den Niederlanden. Die Sammlung des Friesischen Kabinetts bildete die Basis für die Historische Ausstellung. Daneben wurde auch die Bevölkerung gebeten, Objekte einzusenden.
Die Ausstellung war ein großer Erfolg, sowohl was die Besucherzahlen betraf als auch den finanziellen Erfolg. Mit den Einnahmen konnte das Eysinga-Haus in Leeuwarden erworben werden, in dem dann 1881 das Fries Museum eröffnet wurde.
1995 wurde das Museum nach einem großen Umbau wiedereröffnet. Die alte Kanzlei wurde in das Museum über einen Tunnel miteinbezogen.
Seit 2013 ist das Fries Museum untergebracht im ersten Komplett-Neubau eines niederländischen Museums des 21. Jahrhunderts. Der friesische Architekt Abe Bonnema gab den Anstoß für den Neubau. Bei seinem Tod 2001 hinterließ er dem Fries Museum rund 18 Millionen Euro.
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